Inteligência Coletiva

.: Inteligência Coletiva :.
Uma inteligência distribuída por toda parte: tal é o nosso axioma inicial. Ninguém sabe tudo, todos sabem alguma coisa, todo o saber está na humanidade’. (
Pierre Lévy)

quarta-feira, 14 de junho de 2017

Geminivirus data warehouse: a database enriched with machine learning approaches

The Geminiviridae family encompasses a group of single-stranded DNA viruses with twinned and quasi-isometric virions, which infect a wide range of dicotyledonous and monocotyledonous plants and are responsible for significant economic losses worldwide. Here, we describe the development of a data warehouse enriched with ML approaches, designated geminivirus.org.



The use of data mining techniques such as ETL (Extract, Transform, Load) to feed our database, as well as algorithms based on machine learning for knowledge extraction, allowed us to obtain a database with quality data and suitable tools for bioinformatics analysis. The Geminivirus Data Warehouse (geminivirus.org) offers a simple and user-friendly environment for information retrieval and knowledge discovery related to geminiviruses.


Visit the data warehouse



quarta-feira, 7 de junho de 2017

Estudante brasileiro desenvolve ferramenta baseada em open source que identifica ocorrências de vírus infectando plantas no mundo todo.

Estudante de doutorado em Genética e Melhoramento de plantas da Universidade Federal de Viçosa -UFV José Cleydson F. da Silva e colaboradores, projetou e desenvolveu uma Data warehouse (GeminivirusDW) enriquecida com métodos de aprendizado de máquina baseada em ferramentas e metodologias open source.

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quinta-feira, 23 de setembro de 2010

Bioinformática - Montagem de genoma com AMOS

AMOS é um ferramenta para infraestrutura de montagem de genomas. É um software livre e de código aberto licenciado pela GNU/Linux.

AMOS é composto por três pacotes importantes:

* AMOScmp - Um comparativo de montagens;
* Minimus - Uma montagem básica para pequenas bases de dados;
* ABBA - Montagem impulsionada por sequencia de aminoácidos.

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segunda-feira, 2 de agosto de 2010

Bioinformática - PhyML: alinhamento de sequências nucleotídicas em ambiente paralelo

Por José Cleydson Ferreira da Silva
O PhyML é um software utilizado para se fazer estimativa e probabilidade filogênica em alinhamento de sequências nucleotídicas ou sequências de anino ácido. Atualmente está na versão 3.0, seu desenvolvimento teve participação de diversos cientistas de algumas universidades no mundo.

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segunda-feira, 19 de julho de 2010

Bioinformática - Instalação do Mr Bayes em ambiente paralelo

Por José Cleydson Ferreira da Silva
Um dos melhores softwares da área da bioinformática é o Mr Bayes. Seu maior dilema é o processamento em ambiente paralelo, portanto este documento relata a instalação do MrBayes em sua versão para processamento paralelo e adaptação para arquitetura 64 bits de versão do MrBayes para processamento paralelo.

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sexta-feira, 16 de julho de 2010

Bioinformática - Clustalw-MPI: Análise Filogenética utilizando computação paralela e distribuída

Por José Cleydson Ferreira da Silva
O software Clustalw-MPI é a ferramenta mais popular na implementação de múltiplo alinhamento de sequência de DNA. Sua principal diferença entre o software ClustalX dá-se a que ele possui uma melhor performance computacional devido realização do processamento em paralelo ou distribuído.

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