International Symposium on Genetics and Breeding

Geminivirus data warehouse: a database enriched with machine learning approaches

The Geminiviridae family encompasses a group of single-stranded DNA viruses with twinned and quasi-isometric virions, which infect a wide range of dicotyledonous and monocotyledonous plants and are responsible for significant economic losses worldwide. Here, we describe the development of a data warehouse enriched with ML approaches, designated geminivirus.org.

The use of data mining techniques such as ETL (Extract, Transform, Load) to feed our database, as well as algorithms based on machine learning for knowledge extraction, allowed us to obtain a database with quality data and suitable tools for bioinformatics analysis. The Geminivirus Data Warehouse (geminivirus.org) offers a simple and user-friendly environment for information retrieval and knowledge discovery related to geminiviruses.


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Bioinformática: Como a genética vai mudar nossas

Sandro José de Souza - Bioinformática: Como a genética vai mudar nossas vidas (TEDxSP) from MonkeyBusiness on Vimeo.

Bioinformática - Montagem de genoma com AMOS

AMOS é um ferramenta para infraestrutura de montagem de genomas. É um software livre e de código aberto licenciado pela GNU/Linux.

AMOS é composto por três pacotes importantes:

* AMOScmp - Um comparativo de montagens;
* Minimus - Uma montagem básica para pequenas bases de dados;
* ABBA - Montagem impulsionada por sequencia de aminoácidos.

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Bioinformática - PhyML: alinhamento de sequências nucleotídicas em ambiente paralelo

Por José Cleydson Ferreira da Silva

O PhyML é um software utilizado para se fazer estimativa e probabilidade filogênica em alinhamento de sequências nucleotídicas ou sequências de anino ácido. Atualmente está na versão 3.0, seu desenvolvimento teve participação de diversos cientistas de algumas universidades no mundo.

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Bioinformática - Instalação do Mr Bayes em ambiente paralelo

Por José Cleydson Ferreira da Silva

Um dos melhores softwares da área da bioinformática é o Mr Bayes. Seu maior dilema é o processamento em ambiente paralelo, portanto este documento relata a instalação do MrBayes em sua versão para processamento paralelo e adaptação para arquitetura 64 bits de versão do MrBayes para processamento paralelo.

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Bioinformática - Clustalw-MPI: Análise Filogenética utilizando computação paralela e distribuída

Por José Cleydson Ferreira da Silva

O software Clustalw-MPI é a ferramenta mais popular na implementação de múltiplo alinhamento de sequência de DNA. Sua principal diferença entre o software ClustalX dá-se a que ele possui uma melhor performance computacional devido realização do processamento em paralelo ou distribuído.

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